R 명령 bash 터미널에서 사용하기

Question

특정 디렉토리에 * .txt 파일 세트가 있습니다. 나는 SampleStatus.r이라는 파일 코드를 작성했다. 여기에는 데이터를 읽고, proceeses하고 결과를 출력 파일에 쓰는 고유 한 기능이 포함되어있다.

format_windpro(import_file="in.txt", export_file="out.txt") 

내가 읽고 내 R 파일을 사용하여 하나의 명령으로 모든 파일을 계산 bash 명령을 사용하고 싶습니다 :

기능은 같다.

Answer 1

Rscript을 사용하십시오. 예제 코드 :

for f in ${INPUT_DIR}/*.txt; do \ 
    base=$(basename $f) \ 
    Rscript SampleStatus.R $f ${OUTPUT_DIR}/$base \ 
done 

에있는 동안 당신의 SampleStatus.R이 같은 명령 줄 인수 처리 :

#!/usr/bin/env Rscript 

# ... 

argv <- commandArgs(T) 

# error checking... 

import_file <- argv[1] 
export_file <- argv[2] 

# your function call 
format_windpro(import_file, export_file)