데이터 프레임을 목록으로 변환하고 파일에 쓰는 방법

Question

bioconductor GO 데이터베이스에서 정보를 추출하려고하는데 추가 처리 및 분석에 사용할 수있는 데이터를 내보내는 데 문제가 있습니다.

나는 24 affyIDs (라고 SIG)의 목록을 가지고 같은 데이터베이스에 액세스 :

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite() 
biocLite("mouse4302.db") 
library("mouse4302.db") 
GO=as.list(mouse4302GO) 

가 이상적으로이 파일 출력이 같이 쓸 수 싶습니다 :

x 
1415670_at.GO:0016192.GOID GO:0016192 
1415670_at.GO:0016192.Evidence IEA 
1415670_at.GO:0016192.Ontology BP 

..

이 글에서 처음 몇 가지 요소를 넘어서는 문제가 있습니다.

일을하고이

write.table(unlist(GO[sig[1:14]]), file='b.txt',sep='\t',row.names=T,quote=F) 

어떤 아이디어에서 도움이 될 것입니다

x 
1 GO:0001701 
2 IMP 
3 BP 
4 GO:0006499 
5 IMP 
6 BP 
.... 

인쇄하지 않는 13 요소 넘어

크게

감사 많은 감사

Alex

Answer 1

Bioconductor mailing list의 Bioconductor 패키지에 관해 궁금한 점이있을 수도 있습니다. 라이브러리를

library(mouse4302.db) 

을로드하고 있는지 당신의 R이 너무 오래된 있지 않은지 확인하는 것을 잊지 마십시오 (결과 내 R.version.string은 "패치 R 버전 3.0.2 (2014년 1월 2일 r64626)"입니다).

한 가지 방법은 이러한 데이터베이스

## discovery 
keytypes(mouse4302.db)  ## how to query 
columns(mouse4302.db)  ## what to retrieve 

여기

일부 IDS는

에 select 인터페이스를 사용하는 것입니다.

eid <- head(keys(mouse4302.db, keytype="PROBEID")) 

그 식별자와 관련된 GO 식별자는, 우리가 주석 작업을위한

write.table(xx, file=tempfile(), sep="\t", row.names=FALSE, quote=TRUE) 

가 여기에 introductory workflow의 데이터를 쓰는

xx <- select(mouse4302.db, eid, "GO", keytype="PROBEID") 

다음은 간단한 data.frame로 반환 .

Answer 2

모든 답변을 주셔서 감사합니다,하지만 난 다음 코드 관리 :

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite() 
biocLite("mouse4302.db") 
library("mouse4302.db") 
x=mouse4302GO 
write.table(links(x[sig]), file='b.txt',sep='\t',row.names=F,quote=F) 

가 다시 SIG는 AffyIDs의 목록입니다.

probe_id go_id Evidence 
1415670_at GO:0016192 IEA 
1415670_at GO:0006810 IEA 
1415670_at GO:0006886 IEA 
1415670_at GO:0015031 IEA 
1415671_at GO:0006810 IEA 

을 그리고 이것은 FR 추가 분석 중대하다 : 내 표는 끝!