python을 사용하여 xml 데이터를 열로 구문 분석합니다.

여러 XML 파일을 열/테이블로 구문 분석하려고하지만 일부 XML은 다른 데이터를 포함하고 일부는 중요하지 않지만 다른 데이터는 중요합니다.python을 사용하여 xml 데이터를 열로 구문 분석합니다.

즉 (XML 데이터) :

<setId root="ABD6ECF0-DC8E"/> 
<component> 
      <section> 
       <id root="F08C6A14-8165-458A-BDC8-0B5878EB814D"/> 
       <code code="34069-5" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC" displayName="HOW SUPPLIED SECTION"/> 
       <title mediaType="text/x-hl7-title+xml">HOW SUPPLIED</title> 
       <text> 
        <paragraph>RENESE (polythiazide) Tablets are available as:</paragraph> 
        <paragraph>1 mg white, scored tablets in bottles of 100 (NDC 0069-3750-66).</paragraph> 
        <paragraph>2 mg yellow, scored tablets in bottles of 100 (NDC 0069-3760-66).</paragraph> 
        <paragraph>4 mg white, scored tablets in bottles of 100 (NDC 0069-3770-66).</paragraph> 
       </text> 
       <effectiveTime value="20051214"/> 
      </section> 
     </component> 

<component> 
      <section> 
       <id root="42CB916B-BB58-44A0-B8D2-89B4B27F04DF"/> 
       <code code="34089-3" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC" displayName="DESCRIPTION SECTION"/> 
       <title mediaType="text/x-hl7-title+xml">DESCRIPTION</title> 
       <text> 
        <paragraph>Renese<sup>&#174;</sup> is designated generically as polythiazide, and chemically as 2<content styleCode="italics">H</content>-1,2,4-Benzothiadiazine-7-sulfonamide, 6-chloro-3,4-dihydro-2-methyl-3-[[(2,2,2-trifluoroethyl)thio]methyl]-, 1,1-dioxide. It is a white crystalline substance, insoluble in water but readily soluble in alkaline solution.</paragraph> 
        <paragraph>Inert Ingredients: dibasic calcium phosphate; lactose; magnesium stearate; polyethylene glycol; sodium lauryl sulfate; starch; vanillin. The 2 mg tablets also contain: Yellow 6; Yellow 10.</paragraph> 
       </text> 
       <effectiveTime value="20051214"/> 
      </section> 
     </component> 
     <component> 
      <section> 

         <manufacturedProduct> 
         <manufacturedMedicine> 
          <code code="0069-3750" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.69" codeSystemName="FDA" displayName="NDC"/> 
          <name>Renese</name> 
          <formCode code="C42998" codeSystem="2.16.840.1.113883.3.26.1.1" displayName="TABLET"/> 
         <manufacturedProduct/> 
         <manufacturedMedicine/>

나는 최종 결과 (setID, 설명에서와 같이 이름이 열 이름으로) 이런 식으로 할 것을 권장합니다

는

을 setID

ABD6ECF0-DC8E

설명

Renese는
있는 폴리 일반적으로 지정하고, 화학적 등 2H-1,2,4- 벤조 티아 디아 -7- 술폰 아미드, 6- 클로로 3,4- 디 히드로 -2- 메틸 -3 - [[ (2,2,2- 디 플루오로 에틸) 티오] 메틸] -, 1,1- 디옥 시드를 포함한다. 백색 결정 성 물질로 물에는 용해되지 않지만 알칼리성 용액에는 쉽게 용해된다. .

이름

Renese

출처

2016-07-07 Jon Arenson

내가 제대로 이해한다면, 당신은이 사이트에서 다운로드 한 XML 구문 분석하려고 : 특별히 https://dailymed.nlm.nih.gov/dailymed/drugInfo.cfm?setid=abd6ecf0-dc8e-41de-89f2-1e36ed9d6535 사실

는, 그것은 일반 XML의 아니에요 HL7 유형과 (버전 3 {urn : hl7-org : v3}) 하나.

이 작업을 신속하게 처리하기 위해 작업을 꽤 잘 수행 할 수있는 오픈 소스 도구 (Mirth : https://www.mirth.com/)가 있습니다 (이구아나 : http://www.interfaceware.com/iguana.html, 상업용). 귀하의 게시물을 보내 주셔서 감사 드리며, 그것은 나에게 마스 툴을 테스트 할 기회를 제공합니다.

실제로 필요한 정보를 얻으려면 xml을 HL7V3 형식으로 변환해야합니다. 아래에는 xml에 사용 된 채널의 예가 나와 있습니다 (https://www.dropbox.com/sh/ibosv56m0monmcj/AACL7t6ZKOi4P-Bwpi75KhUXa?dl=0).

은 자세한 내용은, 난 당신이 이쪽을 봐 제안 :

당신이 파이썬을 사용하는 데 필요한 모든 후, 당신은 HL7 (http://hl7apy.org/)와 FIHR (https://pypi.python.org/pypi/fhir/0.0.4) 패키지에 볼 수있는 경우 Convert XML to HL7 messages using Mirth Connect.

일반 XML을 파이썬으로 구문 분석하려면 여기에 설명 된 몇 가지 방법이 있습니다. How do I parse XML in Python? (아름다운 재미있는 lxml과 재미있는 lxml).

희망이 도움이 될 수 있습니다. 행운을 빌어 요.

출처

2016-07-09 08:48:18 NajlaBioinfo

python을 사용하여 xml 데이터를 열로 구문 분석합니다.

답변

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