공유 관리 서버에서 R을 실행하는 패키지 관리

Question

일부 배경 : 저는 우리 부서의 서버를 유지 관리하기위한 상당히 초기 시스템 관리자입니다. 서버에는 대개 Ubuntu SE 12.04와 같은 여러 VM이 있으며 일반적으로 프로젝트마다 별도의 VM이 있습니다.

우리가 사용하는 도구 중 하나는 R 및 RStudio이며 서버 에디션입니다. 모든 사람들이 브라우저를 통해 액세스 할 수 있도록이 작업을 설정했지만 패키지 관리를 처리하는 가장 좋은 방법은 무엇인지 궁금합니다. 이상적으로는 많은 프로젝트와 유스 케이스에서 공통적 인 "공통"패키지가있는 폴더/라이브러리가 하나 있습니다. 내가 sudo에서 유일한 사용자이기 때문에 나는이 라이브러리를 관리 할 것이다. 제 동료는 "개인"R 폴더에 사례별로 패키지를 추가 할 수 있어야합니다.이 폴더는 특정 패키지를 우리의 주 폴더에서 사용할 수없는 경우를 대비해 백업으로 검사됩니다.

제 질문에 몇 가지 부분이 있습니다. - 실제로 이것을 설정할 수 있습니까? - 어떻게 구성합니까? -이 라이브러리를 다른 VM에서 쉽게 사용할 수 있도록 자동화 할 수 있습니까?

내가 파이썬에 관한 비슷한 질문을 가지고 있지만 어쩌면 내가 그것에 대해 새로운 질문을해야한다 ..

Answer 1

R은 기본적으로 패키지에 대한 여러 libaries을 지원합니다. 라이브러리는 기본적으로 설치된 패키지가있는 폴더입니다. 시스템에 라이브러리로 사용 어떤 경로를 볼 R에

.libPaths() 

를 사용할 수 있습니다. 내 우분투 13.10 시스템에서, "~/R/x86_64에-PC-리눅스 GNU 라이브러리/3.0"사용자가 설치 한 패키지가 배치되는 경우,

"는/usr에

• 개인 라이브러리가있다 apt-get을 통해 설치된 패키지가있는 "/ lib/R/library"와
• "/ usr/lib/R/site-library"는 모든 사용자가 공유하는 패키지의 시스템 전체 라이브러리입니다.

추가 라이브러리를 R에 추가 할 수 있지만 사용자의 질문을 이해하고/usr/lib/R/site-library에 패키지를 설치하면 원하는 내용이 될 수 있습니다. R을 root로 실행하고 install.packages() 및 update.packages()를 평소와 같이 호출하여 비교적 쉽게 보관할 수 있습니다. 그러나 R을 루트로 실행하는 것은 보안 상 위험한 것이므로 좋은 생각이 아니므로/usr/lib/R/site-library에 대한 쓰기 권한이있는 별도의 사용자를 만들고 루트 대신 해당 사용자를 사용하는 것이 좋습니다.

여러 VM에/usr/lib/R/site-library를 마운트하는 경우 해당 위치에 설치된 패키지도 공유해야합니다. 이 질문에 대한 대답이 있습니까?

Answer 2

공통 라이브러리 및 개인 라이브러리 위치를 갖는 것이 완전히 가능합니다.

각 사용자는 두 개의 환경 변수를 설정해야합니다. R_LIBS은 공용 라이브러리를 가리켜 야하고 R_LIBS_USER은 개인 위치를 가리켜 야합니다. 자세한 내용은 ?.Library을 참조하십시오.

.libPaths()을 사용하여 사용자의 라이브러리 경로를 확인할 수 있습니다. 아마도 사용자가 개인 라이브러리에 패키지를 설치하기를 원하기 때문에 개인 라이브러리가 .libPaths()의 첫 번째 요소인지 확인하기 위해 약간의 조작이 필요할 수 있습니다.