목록의 요소에 적용된 함수로 하위 집합을 지정합니다.

Question

하위 집합에서 실패한 목록이 있습니다. 내가 어떤 pvals < 0.05에 묶여 목록에있는 모든 요소를 ​​뽑아 싶습니다

dune.envfit <- 
structure(list(vectors = structure(list(arrows = structure(c(0.280345610462046, 
0.23065528788472, -0.529798086330133, 0.143997109594625, -0.164377286767545, 
-0.135605646341866, -0.963240459395111, -0.317899182650768, 0.128920508855905, 
0.219446302740393, 0.716407585418307, 0.787931102449639, 0.346775848714473, 
-0.237555622845223, -0.436638573595095, -0.218629125777214, -0.316702141990071, 
0.0503363265919834, 0.959899129437392, 0.973035527702261, -0.848123804477229, 
0.989578108300903, -0.986397540343111, -0.990762892260406, -0.26864068452916, 
-0.948124522238495, 0.991654931110784, 0.975624579545622, -0.697681998875642, 
0.615763410566507, -0.937948032008361, -0.971373937294294, -0.899637013494243, 
-0.975808026899703, -0.948525040923486, 0.998732323610899), .Dim = c(18L, 
2L), .Dimnames = list(c("TIC.mg.L", "Alkalinity.mg.L", "TOC.mg.L", 
"DIC.mg.L", "DOC.mg.L", "Na", "K", "Mg", "Ca", "Dissolved.N.mg.L", 
"Total.N.mg.L", "SI75", "FI", "HIX", "BIX", "EX.max", "MAXI", 
"MaxEX"), c("MDS1", "MDS2")), decostand = "normalize"), r = structure(c(0.59685535501548, 
0.185756858794004, 0.774378247785189, 0.19777058682652, 0.773575290577961, 
0.355910385488688, 0.808105377304065, 0.757415261345049, 0.808139825741362, 
0.756826061659786, 0.766773822773421, 0.297255075467242, 0.0482776303145529, 
0.458034365410462, 0.533467657077853, 0.757925150420371, 0.757494019430756, 
0.452226922967628), .Names = c("TIC.mg.L", "Alkalinity.mg.L", 
"TOC.mg.L", "DIC.mg.L", "DOC.mg.L", "Na", "K", "Mg", "Ca", "Dissolved.N.mg.L", 
"Total.N.mg.L", "SI75", "FI", "HIX", "BIX", "EX.max", "MAXI", 
"MaxEX")), permutations = 999, pvals = c(0.014, 0.418, 0.003, 
0.367, 0.003, 0.1, 0.002, 0.003, 0.001, 0.003, 0.003, 0.158, 
0.836, 0.042, 0.02, 0.003, 0.003, 0.095)), .Names = c("arrows", 
"r", "permutations", "pvals"), class = "vectorfit"), factors = NULL, 
    na.action = function (object, ...) 
    UseMethod("na.action")), .Names = c("vectors", "factors", 
"na.action"), class = "envfit") 

:이 같은 목록이 보이는 것입니다. 나는 화가가 목록의 첫 번째 요소 어딘가에 있다는 것을 안다. 지금까지

> dune.envfit[[1]] 
        MDS1  MDS2  r2 Pr(>r)  
TIC.mg.L   0.99242 -0.12290 0.5970 0.017 * 
Alkalinity.mg.L 0.91283 0.40833 0.1860 0.414  
TOC.mg.L   -0.55732 0.83030 0.7743 0.005 ** 
DIC.mg.L   0.42268 0.90628 0.1972 0.394  
DOC.mg.L   -0.52551 -0.85079 0.7742 0.003 ** 
Na    -0.38616 -0.92243 0.3543 0.096 . 
K    -0.36924 0.92934 0.8080 0.001 *** 
Mg    -0.91182 0.41058 0.7574 0.004 ** 
Ca    0.35178 0.93608 0.8076 0.001 *** 
Dissolved.N.mg.L 0.86231 0.50638 0.7572 0.003 ** 
Total.N.mg.L  0.26924 -0.96307 0.7671 0.005 ** 
SI75    0.41623 -0.90926 0.2971 0.165  
FI    0.18448 -0.98284 0.0486 0.824  
HIX    -0.95753 -0.28834 0.4569 0.056 . 
BIX    -0.65163 0.75853 0.5327 0.027 * 
EX.max   -0.86522 -0.50139 0.7572 0.006 ** 
MAXI    -0.91477 0.40398 0.7571 0.006 ** 
MaxEX    0.11461 0.99341 0.4542 0.070 . 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
P values based on 999 permutations. 

내가 llply 그래서 적용하는 것을 시도하고있다 :

dune.envfit<-llply(dune.envfit, dune.envfit$vectors$pvals, summarize, function(x) x<0.05) 

그들은()에도 STR에서 목록의 그들이이라고 pvals 홍보 (> R)라는 이름의 칼럼입니다

그러나 이것은 "llply (dune.envfit, dune.envfit $ vectors $ pvals, summarize, function (x) x <의 오류 : .fun이 함수가 아닙니다."라는 오류 메시지와 함께 작동하지 않습니다. llply 형식 함수의 목적을위한 함수를 작성하는 데 오류가 있다고 생각합니다.고맙습니다.

몇 가지 가능성을 논의한 후에 필자는 내가 원하는 조각 만 가지고 있습니다. 그러나 나중에 코딩하기 위해 이러한 목록을 포함하는 새로운 목록의 이름을 알아야합니다.

str(dune.envfit_subset) 
List of 2 
$ : num [1:12, 1:2] 0.1125 -0.2401 -0.0644 -0.7822 -0.1268 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:12] "TIC.mg.L" "TOC.mg.L" "DOC.mg.L" "K" ... 
    .. ..$ : chr [1:2] "MDS1" "MDS2" 
$ :List of 3 
    ..$ r   : Named num [1:12] 0.597 0.774 0.774 0.808 0.759 ... 
    .. ..- attr(*, "names")= chr [1:12] "TIC.mg.L" "TOC.mg.L" "DOC.mg.L" "K" ... 
    ..$ permutations: num [1:12] 999 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... 
    ..$ pvals  : num [1:12] 0.024 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.005 0.005 0.044 0.029 ... 

Answer 1

관련 p 값이 0.05 미만이되도록 모든 값을 부분 집합하려는 것처럼 들립니다.

시도해보십시오. 당신은 또한

permutations 열이 원하는 부분 집합의 데이터 프레임을 반환

> as.data.frame(dvSubset)[-4] 

이

> str(dvSubset) 
List of 4 
$ arrows  : num [1:12, 1:2] 0.28 -0.53 -0.164 -0.963 -0.318 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:12] "TIC.mg.L" "TOC.mg.L" "DOC.mg.L" "K" ... 
    .. ..$ : chr [1:2] "MDS1" "MDS2" 
$ r   : Named num [1:12] 0.597 0.774 0.774 0.808 0.757 ... 
    ..- attr(*, "names")= chr [1:12] "TIC.mg.L" "TOC.mg.L" "DOC.mg.L" "K" ... 
$ permutations: num [1:12] 999 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ pvals  : num [1:12] 0.014 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.042 0.02 ...