Python 3.5를 통해 Windows 10에서 BET을 사용하는 중에 "command 'bet'을 (를) 찾을 수 없습니다"오류가 발생했습니다.

Question

.nii 이미지에서 뇌 추출을 수행해야합니다. Windows 10에서 Anaconda를 사용하고 있으며 Python 3.5.4 기반 환경이 있습니다. 는 Nipype에 나는 FSL에서 BET를 발견하고 나는 코드를 다음 :

mybet = fsl.BET() 
mybet.inputs.in_file = 'example.nii' 
mybet.inputs.out_file = 'example_bet.nii' 
result = mybet.run() 

내가 덮어 쓰기 할 이미지가 아니라, 출력 파일 example_bet.nii이 fsl.BET에 의해 생성 될 것으로 예상 양해 바랍니다. Unix 시스템을 기반으로하는 솔루션 만 찾을 수 있으며 Unix 기반 OS에 FSL이 설치되어 있어야합니다. 이는 Windows에서 가상 시스템이 없으면 불가능합니다.

171122-12:02:48,988 interface WARNING: 
    FSLOUTPUTTYPE environment variable is not set. Setting FSLOUTPUTTYPE=NIFTI 

--------------------------------------------------------------------------- 
OSError         Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-12-5b900fbd5263> in <module>() 
     2 mybet.inputs.in_file = 'prova.nii' 
     3 mybet.inputs.out_file = 'prova_bet.nii' 
----> 4 result = mybet.run() 

~\Anaconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\nipype\interfaces\base.py in run(self, **inputs) 
    1079       version=self.version) 
    1080   try: 
-> 1081    runtime = self._run_wrapper(runtime) 
    1082    outputs = self.aggregate_outputs(runtime) 
    1083    runtime.endTime = dt.isoformat(dt.utcnow()) 

~\Anaconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\nipype\interfaces\base.py in _run_wrapper(self, runtime) 
    1722 
    1723  def _run_wrapper(self, runtime): 
-> 1724   runtime = self._run_interface(runtime) 
    1725   return runtime 
    1726 

~\Anaconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\nipype\interfaces\fsl\preprocess.py in _run_interface(self, runtime) 
    142   # in stderr and if it's set, then update the returncode 
    143   # accordingly. 
--> 144   runtime = super(BET, self)._run_interface(runtime) 
    145   if runtime.stderr: 
    146    self.raise_exception(runtime) 

~\Anaconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\nipype\interfaces\base.py in _run_interface(self, runtime, correct_return_codes) 
    1748   if not exist_val: 
    1749    raise IOError("command '%s' could not be found on host %s" % 
-> 1750       (self.cmd.split()[0], runtime.hostname)) 
    1751   setattr(runtime, 'command_path', cmd_path) 
    1752   setattr(runtime, 'dependencies', get_dependencies(executable_name, 

OSError: command 'bet' could not be found on host DESKTOP-MYPC 
Interface BET failed to run. 

내가 리눅스로 전환해야하거나 주위에 방법이 수행 음,이 출력 내가 얻을 수있다?

Answer 1

Docker, Virtual Machine 또는 Windows Subsystem for Linux을 통해 Windows에서 FSL 만 사용할 수 있습니다. 순진하게 실행하는 것은 불가능합니다.