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내 코드에 멀티 스레딩 부분을 추가했습니다.멀티 스레딩 속도 문제
public class ThreadClassSeqGroups
{
public Dictionary<string, string> seqGroup;
public Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>> completeModels;
public Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>> partialModels;
private Thread nativeThread;
public ThreadClassSeqGroups(Dictionary<string, string> seqs)
{
seqGroup = seqs;
completeModels = new Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>>();
partialModels = new Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>>();
}
public void Run(DescrStrDetail dsd, DescrStrDetail.SortUnit primarySeedSu,
List<ushort> secondarySeedOrder, double partialCutoff)
{
nativeThread = new Thread(() => this._run(dsd, primarySeedSu, secondarySeedOrder, partialCutoff));
nativeThread.Priority = ThreadPriority.Highest;
nativeThread.Start();
}
public void _run(DescrStrDetail dsd, DescrStrDetail.SortUnit primarySeedSu,
List<ushort> secondarySeedOrder, double partialCutoff)
{
int groupSize = this.seqGroup.Count;
int seqCount = 0;
foreach (KeyValuePair<string, string> p in seqGroup)
{
Console.WriteLine("ThreadID {0} (priority:{1}):\t#{2}/{3} SeqName: {4}",
nativeThread.ManagedThreadId, nativeThread.Priority.ToString(), ++seqCount, groupSize, p.Key);
List<SearchAlgorithm.CandidateStr> tmpCompleteModels, tmpPartialModels;
SearchAlgorithm.SearchInBothDirections(
p.Value.ToUpper().Replace('T', 'U'), dsd, primarySeedSu, secondarySeedOrder, partialCutoff,
out tmpCompleteModels, out tmpPartialModels);
completeModels.Add(p.Key, tmpCompleteModels);
partialModels.Add(p.Key, tmpPartialModels);
}
}
public void Join()
{
nativeThread.Join();
}
}
class Program
{
public static int _paramSeqGroupSize = 2000;
static void Main(Dictionary<string, string> rawSeqs)
{
// Split the whole rawSeqs (Dict<name, seq>) into several groups
Dictionary<string, string>[] rawSeqGroups = SplitSeqFasta(rawSeqs, _paramSeqGroupSize);
// Create a thread for each seqGroup and run
var threadSeqGroups = new MultiThreading.ThreadClassSeqGroups[rawSeqGroups.Length];
for (int i = 0; i < rawSeqGroups.Length; i++)
{
threadSeqGroups[i] = new MultiThreading.ThreadClassSeqGroups(rawSeqGroups[i]);
//threadSeqGroups[i].SetPriority();
threadSeqGroups[i].Run(dsd, primarySeedSu, secondarySeedOrder, _paramPartialCutoff);
}
// Merge results from threads after the thread finish
var allCompleteModels = new Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>>();
var allPartialModels = new Dictionary<string, List<SearchAlgorithm.CandidateStr>>();
foreach (MultiThreading.ThreadClassSeqGroups t in threadSeqGroups)
{
t.Join();
foreach (string name in t.completeModels.Keys)
{
allCompleteModels.Add(name, t.completeModels[name]);
}
foreach (string name in t.partialModels.Keys)
{
allPartialModels.Add(name, t.partialModels[name]);
}
}
}
}
그러나, 다중 스레드 속도가 단일 스레드보다 훨씬 느리다 및 CPU 부하가 일반적 < 10 %이다. 예를 들어
:
가입력 파일 2500 문자열
_paramGroupSize = 3000
포함될는 메인 스레드 + 1 계산 스레드_paramGroupSize = 400 초
200 비용, 메인 쓰레드 + 7 계산 스레드 많은 비용 더 많은 시간 (나는 10 이상의 최소 한도를 달리게하고 난 후에 그것을 죽였다).구현에 문제가 있습니까? 속도를 높이는 방법?
감사합니다.
'SearchAlgorithm.SearchInBothDirections'의 기능은 무엇입니까? –
DotTrace와 같은 프로파일 러를 사용하면 시간이 소모되는 위치를 알 수 있습니다. –
@ Bryan : SearchAlgorithm.SearchInBothDirections는 주어진 문자열에 대해 집중적 인 검색을 수행하고 candidateStr의 두 목록을 외부 매개 변수로 반환합니다. – Mavershang