LSF wget이 bsub와 작동하지 않습니다.

Question

작업을 제출하기 위해 lsf 시스템을 통해 서버에서 스크립트를 실행하려고합니다. bsub을 사용하지 않고 wget을 실행하면 wget은 내가 얻으려는 파일을 성공적으로 다운로드합니다. 그러나 bsub 내부에서 동일한 명령을 실행하면 작업이 실행되지만 wget은 작업을 얼마 동안 실행할 수 있는지에 관계없이 멈추게됩니다 (파일을 다운로드하는 데 약 10 초 정도 소요됩니다). 여기에 내가 실행 한 명령은 다음과 같습니다 57 : 59-- ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA192 38/sequence_read/ERR000018

는

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA19238/sequence_read/ERR000018.filt.fastq.gz #This one runs no problems. 

bsub -q short -J wgettest -oo wtest.out -eo wtest.err wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA19238/sequence_read/ERR000018.filt.fastq.gz #This one does not work. :(

작업에 대한 열려진 파일은

--2012-07-05 20

을 다음과 같다 .filt.fastq.gz =>`ERR000018.filt.fastq.gz ' ftp-trace.ncbi.nih.gov 해결 ... 130.14.250.10 ftp-trace.ncbi.nih.gov에 연결 | 130.14. 250.10 | : 21 ... 연결됨. 익명 사용자로 로그인 ... 로그인이 잘못되었습니다.

누구에게 의견이 있습니까? 미리 감사드립니다.

Answer 1

명령이 실행 된 컴퓨터가 인터넷에 액세스하지 않았을 가능성이 큽니다.

명령은 자원 할당을 게시하는 노드에서 실행됩니다.

시스템과 연결할 수있는 프록시가 있는지 확인한 다음이를 통해 wget을 수행하십시오.

Answer 2

베오 울프 클러스터에서는 작업자 노드가 외부 네트워크와 단절되는 것이 일반적입니다. bsub로 제출할 때 작업자 노드에서 작업이 실행되므로 인터넷에 액세스 할 수 없습니다. 클러스터에 대한 연결은 항상 헤드 노드 중 하나를 통해 이루어져야합니다. 일반적으로 작업을 제출하기 전에 bsub없이 헤드 노드에서 필요한 모든 파일을 수동으로 다운로드해야합니다. 작업자 노드에서 무언가를 다운로드 할 수 있어야한다면 어떤 종류의 터널링이 가능할 수도 있지만 클러스터 관리자와 얘기해야 할 것입니다.