구문 분석 루프에서 여러 줄 인쇄

Question

파일의 여러 줄을 구문 분석하고 더 사용자 친화적 인 형식으로 원하는 정보를 추출하는 루프를 작성했지만 구문 분석중인 문자열의 중복이 나타납니다 인쇄. 나는 echo | sed 명령을 사용하면서 내가 뭔가 잘못하고 (어리석은)하고 있다고 생각하지만 지금은 그것을 볼 수 없다. 내가 잘못 가고있는 곳을 누군가 지적 할 수 있을까?

파일은 다음과 같습니다 (요약 된) 구문 분석 :

##################################### topd Tree0 - Tree6 ####################################### 
* Percentage of taxa in common: 100.0% 
* Split Distance [differents/possibles]: 0.461538461538462 [ 12/26 ] 
* Disagreement [ taxa disagree/all taxa ]: [ 9/16 ], New Split Distance: 0, Taxa disagree: (PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT) 

##################################### topd Tree0 - Tree7 ####################################### 
* Percentage of taxa in common: 100.0% 
* Split Distance [differents/possibles]: 0.538461538461538 [ 14/26 ] 
* Disagreement [ taxa disagree/all taxa ]: [ 9/16 ], New Split Distance: 0, Taxa disagree: (PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT) 

##################################### topd Tree0 - Tree8 ####################################### 
* Percentage of taxa in common: 100.0% 
* Split Distance [differents/possibles]: 0.230769230769231 [ 6/26 ] 
* Disagreement [ taxa disagree/all taxa ]: [ 4/16 ], New Split Distance: 0, Taxa disagree: (PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4) 

을 그리고 난 그냥 헤더를 원하고 분류군은 동의 (즉, 라인 1, 4 호선의 끝)

을 그러나 나는군요

Tree0 - Tree6 PAKlopT PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree6 PAKlopT PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree6 PAKlopT PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree6 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree6 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree8 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree8 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree8 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree8 PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 
Tree0 - Tree8 PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 

이 내가 작성한 코드 (I가 D : 라인 triplicated (다른 분류군의 목록을 제공하는 경우에, 그러나 별도의 하나라면 나는 아직 그 문제를 해결하지 않은) 곳이 oubt는) 특히 우아한 또는 효율적

#!/bin/bash 

file="$1" 
### 

while read LINE ; 
do 
if [[ $LINE == "#"* ]] 
    then 
    header=$(echo $LINE | sed 's/\#//g' | sed 's/\ topd\ //g') 
fi 
if [[ $LINE == "* Disagreement"* ]] ; 
    then 
    taxa=$(echo $LINE | sed 's/.*(\(\ .*\ \))/\1/' | grep "^ " |sed 's/\ /\t/g') 
fi 

echo "$header""$taxa" 

done < $file 

편집 :

내가 프로세스에 노력하고있어 실제 파일 : 가장이의 언어 만이 bash를 사용하지 않는 아마 https://drive.google.com/open?id=0Bz_H3y-7pX9FX0lZTWNBdlpIQmc

Answer 1

bash 정규식 검색은 훨씬 간단 해집니다.

#!/bin/bash 

file="$1" 
### 

header_regex='# topd (.*) #' 
taxa_regex='Taxa disagree: \((.*)\)' 
while read line; do 
    if [[ $line =~ $header_regex ]]; then 
    header=${BASH_REMATCH[1]} 
    elif [[ $line =~ $taxa_regex ]]; then 
    taxa=${BASH_REMATCH[1]} 
    echo "$header $taxa" 
    fi  
done < "$file" 

Answer 2

순전히 sed으로 할 수 있습니다. 다만,

topd Tree0 - Tree6 
PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
topd Tree0 - Tree7 
PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
topd Tree0 - Tree8 

당신은 또한 sed 함께 할 수있는 라인의 쌍을 병합 할 두 번째 단계에서는이 같은 출력을 잎

sed -n -e 's/#* \(.*\) #*$/\1/p' -e 's/.*(\(.*\))$/\1/p' < file.txt 

: 나는 두 단계를 제안한다 이전의 출력을 파이프하여 :

... | sed 'N;s/\n/\t/' 

는 아마도 두 번째 단계는 어떻게 든 처음에 통합 할 수 있습니다,하지만 난 방법을 잘 모르겠어요.

Answer 3

쉘은 텍스트를 조작하기위한 것이 아니라 도구 호출 순서를 지정하는 데 사용됩니다 (https://unix.stackexchange.com/questions/169716/why-is-using-a-shell-loop-to-process-text-considered-bad-practice 참조).

$ cat tst.awk 
/####/ { hdr = $3 " - " $5 } 
/Disagreement/ { gsub(/.*\(*| *\).*/,""); print hdr, $0 } 

$ awk -f tst.awk file 
Tree0 - Tree6 PAUlopT PAKU2 PAKlopT PAUU4 PLTU1 PLTU3 PLTU4 PLTcif PLTlopT 
Tree0 - Tree7 PAKU2 PAKlopT PAUU4 PAUlopT PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4 PLTlopT 
Tree0 - Tree8 PLTU1 PLTU2 PLTU3 PLTU4