Biopython 번역 스크립트가 작동하지 않습니까?

Question

저는 Biopython을 처음 사용하기 때문에 단순히 DNA Fasta 파일을 번역하고 출력을 새로운 파일에 쓰려고합니다. 나는 그것이 쉬울 것이라고 생각했지만 스크립트를 작동시킬 수는 없다.

#!/usr/bin/env python 
import sys 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 

in = open(sys.argv[1],'r') 
out = open(sys.argv[2],'w') 

messenger_rna = Seq(in, IUPAC.unambiguous_rna) 
out = messenger_rna.translate() 

out.close() 
in.close() 

누구든지 내가 잘못 알고 : 여기
내 시도?

Answer 1

이 모든 것이 무엇인지 모르겠지만, 나는이 파일을 잘못 취급한다고 확신합니다.

는 특히

out = open(sys.argv[2],'w') 
out = messenger_rna.translate() 
out.close() 

나에게 잘못 보인다. 즉, 문자열 무엇 .translate() 반환하는 경우

는

out.write(messenger_rna.translate()) 

로 중간 선을 교체합니다.

#!/usr/bin/env python 

import sys 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 

with open(sys.argv[1],'r') as infile: # for auto-closing 
    messenger_rna = Seq(infile, IUPAC.unambiguous_rna) 
    # if Seq() takes a string rather than a file, do infile.read() instead. 

with open(sys.argv[2],'w') as outfile: 
    outfile.write(messenger_rna.translate())