현재 MIT OCW의 문제 세트 중 하나를 통해 작업 중이며, 작업은 DNA 시퀀스에서 일치하는 하위 문자열을 찾는 것입니다.파이썬의 생성자 함수
길이 k의 서브 시퀀스를 반환하는 함수를 작성하는 데 어려움을 겪고 있습니다. 문자열을 사용할 때 작동하도록 할 수는 있지만 문제는 반복기를 사용하여 설정됩니다. 반복기를 사용할 때 함수는 yield를 사용하여 원래 위치로 돌아 가지 않고 항상 다시 설정되는 것처럼 보입니다. 여기
문자열을 사용하는 내가 쓴 올바른 기능입니다 :def subs(seq, k):
subseq = ''
pos = 0
while pos < len(seq):
while len(subseq) < k:
subseq += seq[pos]
pos += 1
yield subseq, pos - k
subseq = subseq[1:]
정답 :
>>> a = 'hello'
>>> b = subs(a,2)
>>> b.next()
('he', 0)
>>> b.next()
('el', 1)
>>> b.next()
('ll', 2)
>>> b.next()
('lo', 3)
>>> b.next()
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#13>", line 1, in <module>
b.next()
StopIteration
내 문제 작업은을 사용하여 설정
긴 문자열 시퀀스에서 반복자를 만드는 클래스입니다. 여기서는 다루지 않겠지 만 주어진 테스트는 문자열에서 반복자를 만듭니다
# This test case may break once you add the argument m (skipping).
class TestExactSubmatches(dnaseq.unittest.TestCase):
def test_one(self):
foo = 'yabcabcabcz'
bar = 'xxabcxxxx'
matches = list(dnaseq.getExactSubmatches(iter(foo), iter(bar), 3, 1))
correct = [(1,2), (4,2), (7,2)]
self.assertTrue(len(matches) == len(correct))
for x in correct:
self.assertTrue(x in matches)
내 현재 솔루션 :
def subsequenceHashes(seq, k):
subseq = ''
pos = 0
print 'Start of subseqHashes'
try:
while True:
while len(subseq) < k:
subseq += seq.next()
pos += 1
print subseq, pos - k
yield hash(subseq), pos - k
subseq = subseq[1:]
except StopIteration:
return
는, 서브 시퀀스의 해시를 얻을 서브 순서가 사전 (클래스 multidict)로 시작하는 위치의 위치와 함께 그들을두고 호출 기능 및 동일한 해시를 사용하여 부분 문자열을 비교하여 동일한 지 확인합니다. 그런 다음 동일한 하위 문자열 문자열에서 위치 쌍을 반환해야합니다. 나는이 기능의 시작에 문제가있어서 대부분의 기능을 디버그 할 수 없었다. 내가 테스트를 실행하면 어떻게됩니까
def getExactSubmatches(a, b, k, m):
# a and b are the strings compared, k is the length of substring, parameter m is unused, need it for later on in the problem set
ahash, apos = subsequenceHashes(a, k).next()
bhash, bpos = subsequenceHashes(b, k).next()
multidict = Multidict()
print 'starting'
while ahash:
print 'iterate'
multidict.put(ahash, ('a', apos))
ahash, apos = subsequenceHashes(a, k).next()
print apos
while bhash:
multidict.put(bhash, ('b', bpos))
bhash, bpos = subsequenceHashes(b, k).next()
for key in multidict.mydict:
if len(multidict.get(key)) > 1:
for t in multidict.get(key):
if t[0] == 'a':
for s in multidict.get(key):
if s[0] == 'b':
if a[apos:apos+k] == b[bpos:bpos+k]:
print apos, bpos
yield apos, bpos
:
그것의 몸에서 반복자 등을 받았을 때 subsequenceHashes 난 다음 내용을 (사용할 때마다) 재설정되고 있습니다 잘못되어 가고있는 것 같다 무엇Start of subseqHashes
yab 0
Start of subseqHashes
xxa 0
starting
iterate
Start of subseqHashes
cab 0
0
iterate
Start of subseqHashes
cab 0
0
iterate
Start of subseqHashes
F..
======================================================================
FAIL: test_one (__main__.TestExactSubmatches)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Alex\Desktop\Pythonwork\6.006\ps4\dist\test_dnaseq.py", line 32, in test_one
self.assertTrue(len(matches) == len(correct))
AssertionError: False is not true
문자열을 사용할 때 루프에 머무르는 것에 반대합니다.
예를 들어 전화를 걸 때마다 'subsequenceHashes (b, k)'다시 시작됩니다. 함수를 시작할 때 한 번 만들어야합니다. – jonrsharpe
내가 비교할 DNA의 염기 서열은 수천만 개의 뉴클레오티드 길이이며 문제 세트는 제네레이터 기능을 만드는 것이 좋습니다. http://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-006-introduction-to-algorithms-fall-2011/assignments/MIT6_006F11_ps4.pdf – Az00123
예,하지만 전화 만하면됩니다. 발전기 기능은 한 번 *. 그 후에, 당신은 * 그것을 계속 반복하고 싶을뿐입니다 *. 'gen_a = subsequenceHashes (a, k)'로 시작해서 거기에서부터 시작하십시오. – jonrsharpe