mpiblast에서는 어떤 종류의 스케일링이 필요합니까?

Question

HPC 클러스터에서 사용자 중 하나는 30 코어 이상의 mpiblast 작업을 실행합니다. 일반적으로 이들은 약 10 개의 다른 노드로 끝나며 노드는 일반적으로 사용자간에 공유됩니다. 이러한 작업이 가끔씩 꽤 잘 확장되고 사용 가능한 코어의 약 90 %를 효과적으로 사용할 수 있지만 사용 가능한 코어의 약 10 %에 해당하는 CPU 시간 만 누적하는 작업의 경우에는 확장이 매우 나쁜 경우가 많습니다.

일반적으로 음질을 개선해야합니까? 누구든지 어떤 요인으로 인해 열악한 스케일링으로 이어질 수 있는지 알고 있습니까?

Answer 1

mpiblast는 일반적으로 더 빠르게 작동해야하지만 스케일링이 더 좋을 것이라는 보장은 없습니다. 몇 가지 요인이 있습니다 병렬 처리

• , 당신이 사용중인 노드/유휴 제대로 사용하지 아니라는 것을 확인해야합니다. 저조한 스케일링의 주요 원인 중 하나입니다!
• 또한 BLAST에 사용중인 파일에 따라 다릅니다. 예를 들어, mpiblast에 몇 가지 매개 변수가 있습니다. 먼저 매개 변수를 통과해야합니다.

그러나 노드가 똑같이 난 이후 주요 문제가되지 mpiblast 관련이있는 것으로 보이지만, 오히려 것을 발견했다 크게로드 밸런싱 :