서열 정렬에서 각 위치의 보존 계산

Question

현재 다중 서열 정렬에서 각 아미노산 위치의 보존을 계산하려고합니다. BioConductor에서 "msa"를 사용하여 분석을 수행합니다. 이를 통해 ClustalW를 사용하여 다중 시퀀스 정렬을 수행합니다. 이것은 나에게 내가 ClustalW에 그것의 계산에 BLOSUM80 행렬을 사용하여 알고 유사한 정렬 ...

[1] FEYLKLLGKGTFGKVILVKEKATG...KKDPKQRLGGGSEDAKEIMQHRFF 
[2] FDYLKLLGKGTFGKVILVREKATG...KKDPKQRLGGGPSDAKEVMEHRFF 
[3] FDYLKLLGKGTFGKVILVREKASG...IKDPNKRLGGGPDDAKEIMRHSFF 
[4] FIFMEVLGSGAFSEVFLVKQRLTG...EKDPNERY-----TCEKALSHPWI 
[5] YRLEKTLGKGQTGLVKLGVHCVTC...EVDAARRL-----TLEHIQKHIWY 
[6] ITMKHKLGGGQYGEVYEGVWKKYS...QWNPSDRP-----SFAEIHQAF-- 
... 

을 제공하지만이 명령은 각 위치에서 보존을 인쇄 할 수 있습니다 인수를 찾을 수 없습니다. 내가 찾은 가장 가까운 쌍에 대한 점수의 BLOSUM80의 페어 매트릭스와 결합과 같은 약간 보이는 보존 매트릭스 출력 ...

v1 v2 v3 v4 v5 ... 
- 2 2 1 0 0 
A 0 1 0 1 0 
C 0 0 0 0 0 
D 0 2 0 1 0 
E 0 1 0 1 10 
F 4 0 2 0 0 
... 

이 정보를 사용하는 방법이 있나요은, 합계를 계산하는 것입니다 정렬의 각 정렬 된 위치 ??

제공 할 수있는 도움이나 조언을 주셔서 감사합니다.

행복을 빌며,

나탈리

Answer 1

이 기능은 객체의 숯을 (seqToAlign) 목록의 목록을 가지고 있고, BLOSUM62 또는 간단한 갭 페널티 상수를 사용하여 쌍 합계 점수 수, 무시하세요 코드의 여분의 라인, 나는 그 기능에 문제가 있었기 때문에 나는 제대로 작동하는지, 그리고 그것을 연마 할 시간이 없는지 확인해야했다. 그리고 명료하게하기 위해 나의 나쁜 영어.

/// <summary> 
    /// Scoring matrix BLOSUM62 
    /// Matrix is ordered by the English alphabet to compare, on missing letter is assigned an arbitrary value 
    /// example Blosum62 structure: 
    ///  A B C D E F G .... 
    /// A 4 -2 0 -2 -1 -2 0 .... 
    /// B -2 4 -3 4 1 -3 -1 .... 
    /// C 0 -3 9 -3 -4 -2 -3 .... 
    /// D -2 4 -3 6 2 -3 -1 .... 
    /// . . . . . . . . .... 
    /// . . . . . . . . .... 
    /// . . . . . . . . .... 
    /// </summary> 
    private int[][] Blosum62; 

그리고 갭 기능 :

public int gap(string val) 
    { 
     if (val == "gap-gap") { return gapgap; } 
     if (val == "gap opening") { return gapopening; } 
     if (val == "gap mismatch") { return gapmismatch; } 
     return 0; 
    } 

BLOSUM62 매트릭스 : BLOSUM62는

/// <summary> 
    /// Score function using a substitution matrix [matrixSub] for pairwise comparison or blank matrixSub for 
    /// penalty of S(Letter, dash)=-2, S(Different Letters)=-1, S(Same letters)=1 , S(dashes)=0 
    /// Optional parameters: Start, End to manage to score from sequence[Start] to sequence[end] 
    /// </summary> 
    /// <returns>int with sum of all scoring combinations of columns between sequences</returns> 
    public int sumOfPairs(String matrixSub = "Blosum62", int start = 0, int end = -1) 
    { 
     if (matrixSub == "Blosum62") 
     { 
      int backGM = gap(2); 

      //gap(gap(0), gap(1), -10); 

      int sum = 0; 
      int totsum = 0; 
      int k = seqToAlign.longest(); 
      for (int c = 0; c != k; c++) 
      { 
       sum = 0; 
       for (int seq = 0; seq != seqToAlign.count(); seq++) 
       { 
        for (int seqToCompare = seq; seqToCompare != seqToAlign.count(); seqToCompare++) 
        { 
         if (seqToCompare != seq) 
         { 
          if (c < seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).Count && c < seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).Count) 
          { 
           if (seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) - 65 < 27 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) - 65 >= 0 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c) - 65 < 27 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c) - 65 >= 0) 
           { 
            sum += Blosum62[seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) - 65][seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c) - 65]; 
           } 
           else 
           { 
            if (seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) == seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c)) 
            { 
             sum += gap("gap-gap"); 
            } 
            else 
            { 
             sum += gap("mismatch"); 
            } 
           } 
          } 
          else 
          { 
           sum += gap("mismatch"); 
          } 
         } 
        } 
       } 
       totsum += sum; 
       sum = 0; 
      } 
      //gap(gap(0), gap(1), backGM); 
      return totsum; 
     } 
     else 
     { 
      int st = 0, en = 0; 
      if (start < 0) { st = 0; } else { st = start; } 
      if (en < st || end > seqToAlign.count() || end == -1) { en = seqToAlign.count(); } else { en = end + 1; } 

      int sum = 0; 
      int totsum = 0; 
      int k = seqToAlign.longest(); 
      if (k != -1) 
      { 
       for (int c = 0; c != k; c++) 
       { 
        sum = 0; 
        for (int seq = st; seq != en; seq++) 
        { 
         for (int seqToCompare = seq; seqToCompare != en; seqToCompare++) 
         { 
          if (seqToCompare != seq) 
          { 
           if (c < seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).Count && c < seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).Count) 
           { 
            if (seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) - 65 < 27 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) - 65 >= 0 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c) - 65 < 27 && seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c) - 65 >= 0) 
            { 
             if (seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) == seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c)) 
             { 
              sum += 1; 
             } 
             else 
             { 
              sum += -1; 
             } 
            } 
            else 
            { 
             if (seqToAlign.sequences.ElementAt(seq).ElementAt(c) == seqToAlign.sequences.ElementAt(seqToCompare).ElementAt(c)) 
             { 
              sum += 0; 
             } 
             else 
             { 
              sum += -2; 
             } 
            } 
           } 
           else 
           { 
            sum += -2; 
           } 
          } 
         } 
        } 
        totsum += sum; 
        sum = 0; 
       } 
      } 
      else 
      { 
       Console.Write("Empty sequence. Check your input file."); 
      } 
      return totsum; 
     } 
    } 

Blosum62 = new int[27][]; 
    Blosum62[0] = new int[27] { 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -4, -1, -1, -1, -2, -4, -1, -1, -1, 1, 0, -4, 0, -3, -20, -2, -1, -4 }; 
    Blosum62[1] = new int[27] { -2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, -4, 0, -4, -3, 3, -4, -2, 0, -1, 0, -1, -4, -3, -4, -20, -3, 1, -4 }; 
    Blosum62[2] = new int[27] { 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -4, -3, -1, -1, -3, -4, -3, -3, -3, -1, -1, -4, -1, -2, -20, -2, -3, -4 }; 
    Blosum62[3] = new int[27] { -2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -4, -1, -4, -3, 1, -4, -1, 0, -2, 0, -1, -4, -3, -4, -20, -3, 1, -4 }; 
    Blosum62[4] = new int[27] { -1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, -4, 1, -3, -2, 0, -4, -1, 2, 0, 0, -1, -4, -2, -3, -20, -2, 4, -4 }; 
    Blosum62[5] = new int[27] { -2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, -4, -3, 0, 0, -3, -4, -4, -3, -3, -2, -2, -4, -1, 1, -20, 3, -3, -4 }; 
    Blosum62[6] = new int[27] { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -4, -2, -4, -3, 0, -4, -2, -2, -2, 0, -2, -4, -3, -2, -20, -3, -2, -4 }; 
    Blosum62[7] = new int[27] { -2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -4, -1, -3, -2, 1, -4, -2, 0, 0, -1, -2, -4, -3, -2, -20, 2, 0, -4 }; 
    Blosum62[8] = new int[27] { -1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, -4, -3, 2, 1, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -1, -4, 3, -3, -20, -1, -3, -4 }; 
    Blosum62[9] = new int[27] { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -20, -4, -4, 1 }; 
    Blosum62[10] = new int[27] { -1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, -4, 5, -2, -1, 0, -4, -1, 1, 2, 0, -1, -4, -2, -3, -20, -2, 1, -4 }; 
    Blosum62[11] = new int[27] { -1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -4, -2, 4, 2, -3, -4, -3, -2, -2, -2, -1, -4, 1, -2, -20, -1, -3, -4 }; 
    Blosum62[12] = new int[27] { -1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -4, -1, 2, 5, -2, -4, -2, 0, -1, -1, -1, -4, 1, -1, -20, -1, -1, -4 }; 
    Blosum62[13] = new int[27] { -2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, -4, 0, -3, -2, 6, -4, -2, 0, 0, 1, 0, -4, -3, -4, -20, -2, 0, -4 }; 
    Blosum62[14] = new int[27] { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -20, -4, -4, 1 }; 
    Blosum62[15] = new int[27] { -1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -2, -2, -4, 7, -1, -2, -1, -1, -4, -2, -4, -20, -3, -1, -4 }; 
    Blosum62[16] = new int[27] { -1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, -4, 1, -2, 0, 0, -4, -1, 5, 1, 0, -1, -4, -2, -2, -20, -1, 3, -4 }; 
    Blosum62[17] = new int[27] { -1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, -4, 2, -2, -1, 0, -4, -2, 1, 5, -1, -1, -4, -3, -3, -20, -2, 0, -4 }; 
    Blosum62[18] = new int[27] { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -4, 0, -2, -1, 1, -4, -1, 0, -1, 4, 1, -4, -2, -3, -20, -2, 0, -4 }; 
    Blosum62[19] = new int[27] { 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -4, -1, -1, -1, 0, -4, -1, -1, -1, 1, 5, -4, 0, -2, -20, -2, -1, -4 }; 
    Blosum62[20] = new int[27] { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -20, -4, -4, 1 }; 
    Blosum62[21] = new int[27] { 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, -4, -2, 1, 1, -3, -4, -2, -2, -3, -2, 0, -4, 4, -3, -20, -1, -2, -4 }; 
    Blosum62[22] = new int[27] { -3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -4, -3, -2, -1, -4, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -4, -3, 11, -20, 2, -3, -4 }; 
    Blosum62[23] = new int[27] { -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20, -20 }; 
    Blosum62[24] = new int[27] { -2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -4, -2, -1, -1, -2, -4, -3, -1, -2, -2, -2, -4, -1, 2, -20, 7, -2, -4 }; 
    Blosum62[25] = new int[27] { -1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -4, 1, -3, -1, 0, -4, -1, 3, 0, 0, -1, -4, -2, -3, -20, -2, 4, -4 }; 
    Blosum62[26] = new int[27] { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -4, -4, -4, 1, -4, -4, -20, -4, -4, 1 };