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나는 ggplot2의 geom_tile 함수를 사용하여 dataset의 시각화를 작성합니다. 나는 그것에 거의 만족하지만, 나는 그것에 특별한 전설을 추가하고 싶지만, 나는 이것을위한 적절한 방법을 찾을 수 없었다. 나는 그 게시물에서 정확히 나중에 무슨 뜻인지 설명 할 것이다.범주에 따라 수동 범례 ggplot2 플롯
내가 현재 사용하고있는 코드는 다음과 같습니다. R에 익숙하지 않아 시행 착오를 거쳐이 코드가 생성되었습니다. 누군가 그것을 기꺼이 치우려고한다면, 자신을 노크하십시오 :-).
#Read source data
meta <- read.csv("Dropbox/meta_censored.csv")
#import libraries
library("ggplot2")
library("plyr")
library("reshape2")
library("scales")
library("grid")
#transform and rescale data in prep for later steps
meta.m <- melt(meta)
meta.s <- ddply(meta.m, .(variable), transform,
rescale = scale(value))
#generate categories to sort conditions by colour
meta.s$Category <- meta.s$variable
levels(meta.s$Category) <-
list("1_early" = c("X1", "X2"),
"2_early" = c("X3", "X4", "X5", "X6", "X7"),
"1_late" = c("X10", "X17"),
"2_late" = c("X8", "X9", "X11", "X12", "X14", "X15", "X16"),
"3_late" = "X13",
"4_late" = c("X18", "X19"))
#define colours per category
meta.s$rescaleoffset <- meta.s$rescale + 100*(as.numeric(meta.s$Category)-1)
scalerange <- range(meta.s$rescale)
gradientends <- scalerange + rep(c(0,100,200,300,400,500), each = 2)
colorends <- c("white", "red", "white", "green", "white", "red", "white", "green", "white", "orange", "white", "purple")
#reorder by category
meta.s$variable2 <- reorder(meta.s$variable, as.numeric(meta.s$Category))
#reverse y axis labels (were z-a, now a-z)
flevels <- levels(meta.s$Param)
flevels <- rev(flevels)
#x axis annotation variables
text_early <- textGrob("Early", gp=gpar(fontsize = 5, fontface = "bold", col = "red"))
text_late <- textGrob("Late", gp=gpar(fontsize = 5, fontface = "bold", col = "red"))
#plot heatmap
p <- ggplot(meta.s, aes(variable2, Param)) +
geom_tile(aes(fill = rescaleoffset), colour = "lightgrey") +
#add line to seperate early from late
geom_vline(xintercept = 7.5) +
scale_fill_gradientn(colours = colorends, values = rescale(gradientends)) +
scale_x_discrete("", expand = c(0, 0)) +
scale_y_discrete("", limits = flevels, expand = c(0, 0)) +
theme_grey(base_size = 5) +
theme(legend.position = "right",
axis.ticks = element_blank(),
axis.text.x = element_text(angle = 270, hjust = 0, size = 5, vjust = 0, face = "bold"),
plot.margin = unit(c(1,1,2,1), "lines")) +
annotation_custom(text_early, xmin = 0, xmax = 8, ymin=168.5, ymax = 168.5) +
annotation_custom(text_late, xmin = 8, xmax = 19, ymin=168.5, ymax = 168.5)
gt <- ggplot_gtable(ggplot_build(p))
gt$layout$clip[gt$layout$name == "panel"] <- "off"
grid.draw(gt)
기본적으로 x 축의 각 값에 의해 Param 열의 개체 당 값을 표시하려고합니다. x 축의 각 값은 다른 실험 조건을 가진 다른 연구를 나타냅니다. this thread을 사용하여 그룹화를 시도했지만 각 그룹마다 다른 색상이 적용됩니다.
이제 내가 원하는 것은 범례가 각 범주의 개별 단색을 표시하고 각 셀의 값을 기반으로하는 전체 그래디언트가 아니라는 것입니다. 물론 에이 ggplot2로 생성 된 범례 일 필요는 없으며, 다른 방법은 트릭을 수행하는 한 허용됩니다.
미리 감사드립니다.
