R에서 중첩 된 for 루프를 용이하게하는 방법은 무엇입니까?

Question

다음과 같이 for 루프를 중첩했습니다. 나는 p : q = 1 : 300, n = 20이 필요하다. 기능 "마크"는 내 관심 모델입니다 (패키지 RMark). 나는 rbind가 느릴 수 있지만 그것을 대체하기 위해 무엇을 사용해야하는지 전혀 모른다는 것을 알고 있습니다. 그렇지 않은 경우이 기능을 더 빠르게 수행하려면 무엇을 할 수 있습니까? 감사.

foo<-function(data, p, q, n){ 
results.frame <- data.frame() 
for (i in 1:n){ 
    for (i in p:q) { 
     run.model<-mark(data[sample(nrow(data), i),], model="Occupancy")  
     results<-data.frame(summary(run.model)$real$p, Occupancy=summary(run.model)$real$Psi, se.p=t(as.matrix(summary(run.model, se=T)$real$p$se)), se.Psi=summary(run.model, se=T)$real$Psi$se, stations=i) 
     results.frame<-rbind(results.frame, results) 
     } 
    } 
write.table(results.frame, "C:\\RWorkspace\\simulation_results.txt") 
return(results.frame) 
} 

Answer 1

예, rbind은 느릴 수 있습니다. 일반적으로 행렬을 적당한 크기로 만들고 적절하게 채우는 것이 더 빠릅니다. 또한 대개 데이터 프레임 대신 매트릭스를 채우는 것이 더 빠릅니다.

그러나 표시된 크기로는 mark이 기능을 느리게하는 것이고 그렇게하면 속도가 현저히 떨어지는 것으로 생각됩니다. 단일 결과를 run.model에 저장하고 루프에서 해당 라인을 주석 처리하여 테스트하는 것은 쉽습니다. 그것은 단지 결과를 저장하는 데 소비하는 시간을 알려줍니다. (당신은 또한 함수를 "프로파일 링"할 수 있지만 이것은 더 간단 할 것입니다.)

편집 : 저는 실제로 잘못되었습니다. 당신이 나타내는 크기가 충분히 커서 rbind이 문제를 일으킬 가능성이 있습니다. 상당히 빠른 속도와 적당한 메모리 량을 가지고있는 시스템에서 n=20의 데이터 프레임과 n=1의 0.09 초만을 사용하여 rbind에 7.73 초가 걸리므로 일부 메모리 변동이 일어나고 있습니다. 속도 향상에 관해서는, n=20으로는 그것을 채우기 위해 단 1.00 초 rbind에 행렬과 0.033 초 걸립니다.

foo <- function(data, p, q, n){ 
    # make a single results line; remove this line when you put in your code 
    results <- c(1, Occupancy=2, se.p=3, se.Psi=4, stations=5) 
    # make the matrix the right size to start with 
    results.frame <- matrix(ncol=5, nrow=(q-p+1)*n) 
    for (i in 1:n){ 
    for (j in p:q) { 
     # get results here; commented out to show loop speed only 
     # put in your actual code here instead 
     results.frame[ 1+(i-1)*(q-p+1)+(j-p), ] <- results 
    } 
    } 
    # get the names right by taking the names from the last time through the loop 
    colnames(results.frame) <- names(results) 
    results.frame 
}