OptimalCutoff Youden 인덱스 계산

Question

이분법 변수 (a vs b)에 대한 ROC 곡선을 계산 한 후. 이 변수를 구별하기 위해 최적의 한계 값을 계산하고 싶습니다. Youden 지수는 차별화를위한 민감도와 특이성을 최적화하는 값입니다.

분명히 패키지 "OptimalCutpoints"가이를 수행 할 수 있어야합니다. 그러나, 나는이 이상한 오류가 발생합니다. 아래에 코드가 삽입되었습니다.

library(pROC) 
library(OptimalCutpoints) 
df <- structure(list(value = c(1945.523629, 2095.549323, 2066.585153, 
         2445.878083, 2112.252632, 2115.92955, 2000.285032, 2224.611905, 
         1616.534694, 1668.017699, 1475.980978, 1940.849817, 1716.666667, 
         2153.284314, 2063.353635, 2163.070313, 1856.319149, 1499.986928, 
         2240.440449, 1869.083916, 1807.196078, 2025.603604, 1638.22973, 
         1781.602941, 2014.013809, 1906.027356, 2033.148718, 1923.403162, 
         1687.107744, 2632.280305, 1774.073084, 2196.162393, 2164.108659, 
         2055.031216, 2229.501425, 1273.872576, 2224.126126, 2006.858974, 
         1956.601942, 1808.214521, 1535.387136, 1382.15, 1596.69693, 1779.477273, 
         1577.174699, 1908.321526, 1833.124454, 1679.492978, 1777.31114, 
         1988.249023, 1736.75, 1985.68521, 1821.025974, 1745.325862, 1805.640777, 
         2326.821229, 1858.558824, 2025.622727, 2197.781321, 1475.685446, 
         2000.906423, 1714.749573, 1436.529412, 1981.15572, 1939.612779, 
         2007.679335, 2029.189536, 1644.298246, 1824.697342, 2281.990385, 
         2131.331776, 1143.722714, 1784.578076, 2143.131579, 982.4908457, 
         2217.021592, 1799.512346, 526.7047753, 1613.25, 951.9103079, 
         1006.241888, 1146.276835, 1651.474138, 1568.484778, 1938.867704, 
         792.5410822, 1602.037383, 1244.281863, 957.5739437, 819.6116071, 
         879.2128326, 1189.638632, 775.5525292, 1148.193333, 1130.812183, 
         902.34, 994.3302961), type = c("a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", 
                 "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b" 
         )), .Names = c("value", "type"), row.names = c(NA, -97L), class = "data.frame") 

rocobj <- plot.roc(df$type, df$value, percent = TRUE, main="ROC", col="#1c61b6", add=FALSE) 

optimal.cutpoint.Youden <- optimal.cutpoints(X = "value", status = "type", tag.healthy = 0, methods = "Youden", 
              data = df, pop.prev = NULL, 
              control = control.cutpoints(), ci.fit = FALSE, conf.level = 0.95, trace = FALSE) 
summary(optimal.cutpoint.Youden) 
plot(optimal.cutpoint.Youden) 

오류 : 데이터 집합에 정상적인 과목이 없습니다. 데이터 및 개의 변수를 검토하십시오. 보급률은 0보다 높고 1보다 낮은 값이어야합니다.

나는 여기에서 매우 분명한 것을 놓치고 있습니다. 패키지 도움말 파일을 기반으로 코드를 수정하려고했지만 오류를 제거 할 수 없습니다.

내 R "기술"에 대한 아주 많이 내 사과를 감사

PS : 그것은 당신의 감도 등 당신의 특이성에 비해 얼마나 중요한지에 의존하기 때문에 나는 "최적의 컷오프를"정의의 한계를 이해 나는 단지 우리가이 기술을 사용하여 얻게 될 가치에 대한 아이디어를 갖고 싶습니다.

Answer 1

문제는 tag.healthy 인수를 어떻게 정의했는지입니다. 이 데이터는 'a' 또는 'b'이어야합니다. 0으로 정의했습니다.

희망이 도움이됩니다.