sed를 사용하여 비정형 파일 편집

Question

sed을 사용하여 파일을 편집 중이며 문제가 발생했습니다. sed 전문가가이를 해결할 수 있어야합니다.

제가

##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries"> 
##INFO=<ID=MULTI_ALLELIC,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a site is multi-allelic"> 
##source_20160901.1=vcf-subset(r940) -f -c HG02291 /net/isilonP/public/rw/ensembl/1000genomes/release-17/tmp/slicer/1.1-1000000.ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz 
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG02291 
1 10177 rs367896724 A AC 100 PASS AA=1 GT 1|0 
1 10235 rs540431307 T TA 100 PASS XX=5 GT 0|0 
1 10352 rs555500075 T TA 100 PASS JJ=7 GT 0|1 

이하 I 다음 명령

sed 's/.*##source_.*/\#\#INFO=\<ID=P_ID\,Number=1\,Type=String\,Description=\"Person Identifier\"\>\n&/' infile > outfile을 사용하여 파일에 광고를 삽입과 같은 구조화/부분적 구조 파일을 가지고 출력은 다음과 같다

##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries"> 
##INFO=<ID=MULTI_ALLELIC,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a site is multi-allelic"> 
##INFO=<ID=P_ID,Number=1,Type=String,Description="Patient Identifier"> 
##source_20160901.1=vcf-subset(r940) -f -c HG02291 /net/isilonP/public/rw/ensembl/1000genomes/release-17/tmp/slicer/1.1-1000000.ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz 
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG02291 
1 10177 rs367896724 A AC 100 PASS AA=1 GT 1|0 
1 10235 rs540431307 T TA 100 PASS XX=5 GT 0|0 
1 10352 rs555500075 T TA 100 PASS JJ=7 GT 0|1 

nex 내가 가진, 지금까지

##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries"> 
##INFO=<ID=MULTI_ALLELIC,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a site is multi-allelic"> 
##INFO=<ID=P_ID,Number=1,Type=String,Description="Patient Identifier"> 
##source_20160901.1=vcf-subset(r940) -f -c HG02291 /net/isilonP/public/rw/ensembl/1000genomes/release-17/tmp/slicer/1.1-1000000.ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz 
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG02291 
1 10177 rs367896724 A AC 100 PASS AA=1;P_ID=12345 GT 1|0 
1 10235 rs540431307 T TA 100 PASS XX=5;P_ID=12345 GT 0|0 
1 10352 rs555500075 T TA 100 PASS JJ=7;P_ID=12345 GT 0|1 

- 내가하고 싶은 t의 것은 JJ=7

출력은 같이해야 입력으로 위의 파일을 가지고 AA=1입니다 열 여덟, XX=5에 ;P_ID=12345을 추가한다 열 8을 선택하도록 관리되었지만 정보를 추가 한 후 파일에 업데이트 된 줄을 다시 넣는 방법을 모르겠습니다.

sed -re '{s/^(\S+\s+){7}(\S+).*$/\2/;p}'

중 하나가 PLS 날이 퍼즐을 해결하는 데 도움이 수 - 나는 열 여덟을 선택하고 어떻게

이 무엇입니까?

미리 감사드립니다.

Prashant /tmp/so5.txt이 입력 파일입니다

Answer 1

sed는 개별 행에 대한 간단한 대체를위한 것입니다. 다른 무엇을 위해서 awk를 사용해야합니다 :

$ awk ' 
/^##source_/ { print "##INFO=<ID=P_ID,Number=1,Type=String,Description=\"Person Identifier\">" } 
!/^#/ { $8 = $8 ";P_ID=12345" } 
{ print } 
' file 
##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries"> 
##INFO=<ID=MULTI_ALLELIC,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a site is multi-allelic"> 
##INFO=<ID=P_ID,Number=1,Type=String,Description="Person Identifier"> 
##source_20160901.1=vcf-subset(r940) -f -c HG02291 /net/isilonP/public/rw/ensembl/1000genomes/release-17/tmp/slicer/1.1-1000000.ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz 
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG02291 
1 10177 rs367896724 A AC 100 PASS AA=1;P_ID=12345 GT 1|0 
1 10235 rs540431307 T TA 100 PASS XX=5;P_ID=12345 GT 0|0 
1 10352 rs555500075 T TA 100 PASS JJ=7;P_ID=12345 GT 0|1 

Answer 2

sed -re '{s/^((\S+ +){7}\S+)/\1;P_ID=12345/}' /tmp/so5.txt 

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