Python의 영숫자 edgelist에서 가중치가있는 인접성 목록을 만듭니다.

Question

저는이 단백질 - 단백질 상호 작용의 데이터 세트를 연구하고 있습니다. 나는 다음과 같은 형식의 edgelist를 가지고있다.

AIG676464 AIG8475985 0.00035. Protein 1, Protein 2, weight. 

나는 여러 가지 방법을 시도해 본 결과 출력 할 수 없다. 내가 얻고 자하는 것은 행렬 형태의 상호 작용입니다. 어떤 도움이라도 대단히 감사하겠습니다. 파이썬이나 R은 괜찮습니다.

내가 해봤 networkx : 여기

import networkx as nx 

fh = open("InWeb29.txt", 'rb') 
#d = fh.write(textline) 
#fh.close() 

G = nx.read_edgelist(fh) 
G = nx.Graph([()]) 
A = nx.adjacency_matrix(G) 
print(A.todense()) 
A.setdiag(A.diagonal()*2) 
print(A.todense()) 

지금까지 내 다른 코드입니다 : 그것은 당신이 사용할 수있는 NetworkX

import csv 
import pandas as pd 

"Load in data file" 
"""Read in the data file""" 

df = pd.read_csv("datafile.txt", sep= '\t', header=0) 
headers = list(df) 
prot1 = df[df.columns[0]] 
prot2 = df[df.columns[1]] 
weight = df[df.columns[2]] 
print prot1 
with open("datafile.txt") as f: 
    next(f) 
    data = [tuple(map(str,row)) for row in csv.reader(f)] 

n = max(max(prot1, prot2) for prot1, prot2, weight in data) 
matrix = [[None]* n for i in range(n)] 

for prot1, prot2 in data: 
    matrix[prot1][prot2]= weight 

for row in matrix: 
    print(row)  

Answer 1

read_weighted_edgelist

import networkx as nx 
import StringIO 

s = StringIO.StringIO("AIG676464 AIG8475985 0.00035") 

G = nx.read_weighted_edgelist(s) 
A = nx.adjacency_matrix(G) 

print A.todense() 

출력

[[ 0.  0.00035] 
[ 0.00035 0.  ]]