Bowtie은 tophat에 필요한 프로그램입니다. 나는이 프로그램을 참고 게놈에 대해 수 백억 읽음을지도 할 필요가있다. Bowtie는 매핑 부분을 수행하는데 많은 CPU가 필요합니다. bowtie의 매뉴얼에는 다중 스레드를 할 수있는 옵션이 있지만 라이브러리 PThread를 설치해야합니다.리눅스에서 PThread를 설치하기 위해
this website에서 PThread를 다운로드했습니다. 이 파일을 내 프로그램 폴더로 추출하고 셸을 연 다음이 디렉토리에 있습니다. 'make'명령을 입력하면이 오류가 발생하며이를 해결하는 방법을 모르겠습니다.
if /bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I. -Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF ".deps/PThreadRun.Tpo" -c -o PThreadRun.lo PThreadRun.cpp; \
then mv -f ".deps/PThreadRun.Tpo" ".deps/PThreadRun.Plo"; else rm -f ".deps/PThreadRun.Tpo"; exit 1; fi
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I. -Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF .deps/PThreadRun.Tpo -c PThreadRun.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/PThreadRun.o PThreadRun.cpp: In member function 'pthread_t PThreadRun::start()':
PThreadRun.cpp:28:38: error: 'redirectPthreadRun' was not declared in this scope
make: * [PThreadRun.lo] Error 1
make: Leaving directory `/install_dir'
make: * [all-recursive] Error 1
make: Leaving directory `/install_dir'
make: * [all] Error 2
사람은이 문제를 해결하는 방법을 알고?
봐 및 HTTP에 따르면 .... 소프트웨어의 저자에 –
을 정중하게 이메일을 보내 : //bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml#building-from-source "pthreads"라이브러리가 필요합니다. 95 %라는 것은 pthreads 라이브러리가 이미 컴퓨터에 설치되어 있다는 것을 의미합니다. "PThread"라이브러리는 pthreads를 감싸는 C++ 래퍼처럼 보입니다. – janneb