나는 모든 것을 검색하고 시도해 보았습니다. 내 시스템에는 bowtie, samtools 및 libbam-dev가 설치되어 있습니다. 나는이 오류를 해결하고 tophat를 어떻게 설치합니까 checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version or hi
cygwin에서 samtools()를 설치하려고합니다. 다양한 트릭 here과 here을 따라 갔지만 내 문제는 내가 기능을 수행 할 수 없다는 것입니다. pthread. GCC가 설치되어 작품, zlib 설치하고 작품과 ncurses 설치하고 작품 + 모든 것이 $의 PATH에 추가됩니다 ...하지만 난 make를 실행하고는 메이크 파일에 다음 줄에 도달
나는 타블렛 정렬 파일을 시각화하기 위해 타블렛 정렬 뷰어 (http://bioinf.scri.ac.uk/tablet/)를 사용 해왔다. 다른 개인을 비교하기를 원하기 때문에 동일한 창에서 2 ~ 3 개의 BAM을 함께 열어야합니다. 그러나 Tablet은 다중 BAM보기 옵션을 제공하지 않는 것 같아요. 아니면 아직 찾을 수 없었습니다! 누구나이 옵션을 T
핵심은 거대한 파일입니다. 필자의 목표는 전체 파일을 한 번에 메모리로 읽어 들이지 않고 루프의 모든 라인을 구문 분석하지 않아도되므로 필요한 라인에 도달하지 못하게하는 것입니다 (영원히 필요하기 때문에 문자 그대로 1,500 만 라인 길이입니다). 내가 현재로 파일을 여는하고 있어요 ... 필요한 라인의 위치를 직접 포인터를 이동 self._FH =
파일 1과 파일 2의 두 파일에서 samtools을 사용하여 더미 파일을 만들려고합니다. $ {C}은 1과 22, 그리고 $ 조직 사이의 수이다 chr${c}.${TISSUE}_run1_en2hic_PE1.bam.sorted.bam.breaks_COL1_and_COL2_ONLY
어느 콜론이다 는 I의 형식은 다음 이름 (44 개)의 파일을 갖는 결과,