복잡한 파일을 해시로 분할

Question

Primer 3이라는 명령 줄 프로그램을 실행하고 있습니다. 입력 파일을 받아 데이터를 표준 출력으로 리턴합니다. 그 입력을 받아 들일 수있는 루비 스크립트를 작성하려고하고 있는데, 해시에 항목을 넣으려고합니다.

결과는 다음과 같습니다.

{:SEQUENCE_ID => "example", :SEQUENCE_TEMPLATE => "GTAGTCAGTAGACNAT..etc", :SEQUENCE_TARGET => "37,21" etc } 

내가 또한 경우 키를 낮추기 위해 싶습니다 예 :

{:sequence_id => "example", :sequence_template => "GTAGTCAGTAGACNAT..etc", :sequence_target => "37,21" etc } 

이 나는이 것 같은 것을 가지고 있도록 '='기호의 데이터를 분할하고 싶습니다 내 현재 스크립트입니다 :

Primer 3 hash 
{"SEQUENCE_ID"=>0, "SEQUENCE_TEMPLATE"=>0, "SEQUENCE_TARGET"=>37, "PRIMER_TASK"=>0,  "PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER"=>1, "PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO"=>1, "PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER"=>1, "PRIMER_OPT_SIZE"=>18, "PRIMER_MIN_SIZE"=>15, "PRIMER_MAX_SIZE"=>21, "PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED"=>1, "PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE"=>75, "P3_FILE_FLAG"=>1, "SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION"=>37, "PRIMER_EXPLAIN_FLAG"=>1, "PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH"=>0, "PRIMER_LEFT_EXPLAIN"=>0, "PRIMER_RIGHT_EXPLAIN"=>0, "PRIMER_INTERNAL_EXPLAIN"=>0, "PRIMER_PAIR_EXPLAIN"=>0, "PRIMER_LEFT_NUM_RETURNED"=>0, "PRIMER_RIGHT_NUM_RETURNED"=>0, "PRIMER_INTERNAL_NUM_RETURNED"=>0, "PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED"=>0, ""=>0} 

:

#!/usr/bin/ruby 
puts 'Primer 3 hash' 

primer3 = {} 
while line = gets do 
    name, height = line.split(/\=/) 
    primer3[name] = height.to_i 
end 

puts primer3 

그것은이를 반환

데이터 소스는

SEQUENCE_ID=example 
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG 
SEQUENCE_TARGET=37,21 
PRIMER_TASK=pick_detection_primers 
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1 
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1 
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1 
PRIMER_OPT_SIZE=18 
PRIMER_MIN_SIZE=15 
PRIMER_MAX_SIZE=21 
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1 
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100 
P3_FILE_FLAG=1 
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21 
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1 
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/ 
PRIMER_LEFT_EXPLAIN=considered 65, too many Ns 17, low tm 48, ok 0 
PRIMER_RIGHT_EXPLAIN=considered 228, low tm 159, high tm 12, high hairpin stability 22, ok 35 
PRIMER_INTERNAL_EXPLAIN=considered 0, ok 0 
PRIMER_PAIR_EXPLAIN=considered 0, ok 0 
PRIMER_LEFT_NUM_RETURNED=0 
PRIMER_RIGHT_NUM_RETURNED=0 
PRIMER_INTERNAL_NUM_RETURNED=0 
PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED=0 
= 

$ primer3_core < example2 | ruby /Users/sean/Dropbox/bin/rb/read_primer3.rb 

Answer 1

#!/usr/bin/ruby 
puts 'Primer 3 hash' 

primer3 = {} 
while line = gets do 
    key, value = line.split(/=/, 2) 
    primer3[key.downcase.to_sym] = value.chomp 
end 

puts primer3 

Answer 2

OK 나는 그것을 (거의)이있다. 유일한 문제는 각 값의 끝에 \ n을 추가하는 것입니다.

puts 'Primer 3 hash' 

primer3 = {} 
while line = gets do 
    key, value = line.split(/\=/) 
    puts key 
    puts value 
    primer3[key.downcase] = value 
end 

puts primer3 

{"sequence_id"=>"example\n", "sequence_template"=>"GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG\n", "sequence_target"=>"37,21\n", "primer_task"=>"pick_detection_primers\n", "primer_pick_left_primer"=>"1\n", "primer_pick_internal_oligo"=>"1\n", "primer_pick_right_primer"=>"1\n", "primer_opt_size"=>"18\n", "primer_min_size"=>"15\n", "primer_max_size"=>"21\n", "primer_max_ns_accepted"=>"1\n", "primer_product_size_range"=>"75-100\n", "p3_file_flag"=>"1\n", "sequence_internal_excluded_region"=>"37,21\n", "primer_explain_flag"=>"1\n", "primer_thermodynamic_parameters_path"=>"/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/\n", "primer_left_explain"=>"considered 65, too many Ns 17, low tm 48, ok 0\n", "primer_right_explain"=>"considered 228, low tm 159, high tm 12, high hairpin stability 22, ok 35\n", "primer_internal_explain"=>"considered 0, ok 0\n", "primer_pair_explain"=>"considered 0, ok 0\n", "primer_left_num_returned"=>"0\n", "primer_right_num_returned"=>"0\n", "primer_internal_num_returned"=>"0\n", "primer_pair_num_returned"=>"0\n", ""=>"\n"} 

Answer 3

재미를 들어, 여기에 순수하게 기능적인 솔루션의 몇 가지 있습니다. 둘 다 이미 파일에서 데이터를 가져온 것으로 가정합니다.

my_data = ARGF.read # read the file passed on the command line 

이 사람은 총의 종류를 느낀다, 그러나 그것은 (긴) 한 줄 :)

이

hash = Hash[ my_data.lines.map{ |line| 
    line.chomp.split('=',2).map.with_index{ |s,i| i==0 ? s.downcase.to_sym : s } 
} ] 

이 하나가 두 줄,하지만 with_index를 사용하는 것보다 깨끗한 느낌입니다 :

keys,values = my_data.lines.map{ |line| line.chomp.split('=',2) }.transpose 
hash = Hash[ keys.map(&:downcase).map(&:to_sym).zip(values) ] 

둘 다 덜 능률적이고 확실하게 이미 받아 들인 답변보다 메모리 집약적입니다. 선을 반복하고 천천히 해시를 돌연변이시키는 것이 최선의 방법입니다. 이러한 돌연변이가없는 변이는 정신 운동 일뿐입니다.

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귀하의 최종 답변은 명령 줄이나 STDIN을 통해 파일 이름을 허용하는 ARGF을 사용해야합니다. 그래서처럼 작성합니다

#!/usr/bin/ruby 

module Primer3 
    def self.parse(file) 
    {}.tap do |primer3| 
     # Process one line at a time, without reading it all into memory first 
     file.each_line do |line| 
     key, value = line.chomp.split('=', 2) 
     primer3[key.downcase.to_sym] = value 
     end 
    end 
    end 
end 

Primer3.parse(ARGF) if __FILE__==$0 

이 방법 당신은 또는 STDIN하지 않고, 명령 줄에서 파일을 호출 할 수 있습니다, 또는 당신이 파일을 require하고 다른 코드에서 정의하는 모듈 기능을 사용할 수 있습니다.